Lab of Cancer epi-proteomics and gene expression regulation
Dept. Exp. Oncology
European Institute of Oncology
Milano- Italy
W        https://www.ieo.it/it/RESEARCH/People/Researchers/Bonaldi-Tiziana/
            https://www.unimi.it/en/ugov/person/tiziana-bonaldi
            https://www.youtube.com/watch?v=zDroE0EtEPw
@        tiziana.bonaldi@ieo.it; Tiziana.bonaldi@unimi.it
 
TB is Tenured Group Leader at the European Institute of Oncology (IEO) in Milan, where she directs the “Cancer epi- proteomics and gene expression regulation” Group since 2008. Following a PhD in Molecular and Cellular Biology at the Dibit, San Raffaele Institute in Milan, she did a first post-doc at the LMU in Munich, in A. Imhof’s lab, where she started developing MS methods to study the histone code; then she carried out a second post-doc in the M. Mann’s group at the MPI of Biochemistry in Martinsried to strengthen her expertise in quantitative MS-based proteomics and its potential to study post-transcriptional regulation of gene expression. She received the “Armenise-Harvard Career Development Award” in 2007 that helped her to develop her career as independent investigator in Italy. In 2010, she won the “International Inner Wheel for Women, for scientific achievements”. She successfully completed her tenure-track in 2014 and was appointed as Associate Professor at IEO.
In 2021 she has also been appointed as Assistant Professor at the Department of Oncology and Haematology-Oncology of the University of Milan, where she coordinates the Proteomics and Metabolomics course for the Master Program in “Biomedical Omics” of the same University and she teaches Applied Biology at the Course Degree in “Health care professions”.
From a research point of view, at IEO TB coordinates a group comprising 10-12 students at various stages of their career path, from undergraduate students to senior post-docs. The group focuses on applying mass spectrometry (MS) –based proteomics to the investigation of the molecular mechanisms underpinning adaptive responses in cancer, with a specific interest towards the epigenetic regulation of gene expression. Her research is contributing both various technological innovations and several original findings in the MS-analysis of chromatin composition and modifications, on histones and beyond, in both pre-clinical models and, more recently, in primary cancer patient samples. As testified by her publication track, In the field of protein-methylation in cancer she is unravelling novel central roles of various epigenetic enzymes (e.g. LSD1, PRMT1) in the onset, progression and response to therapy for different cancer types and she has become a world-wide pioneer in the epi-proteomics analyses. 
She is involved in the gender balance program of her Institute, being founding member of the IEO GEP and IEO coordinator within the EU-Funded LIBRA project among members of the EU-LIFE consortium. She is active in various mentoring activities for young scientists, both locally and within the EU-LIFE. At IEO she is involved in different Institutional roles, such as Chair of the Scientific Council of the Dept. of Experimental Oncology, Member of the Educational Committee and of the Academic Council of the School of Molecular Medicine (SEMM) PhD Program. 
She took part as speaker to various Science Dissemination events at the local and regional level.  
She is partner of the EU-funded EPIC-XS consortium, to which she contributes both by developing novel analytical strategies for clinical epi-proteomics studies and by offering proteomics service for external user from EU.
She published more than 90 peer-review scientific papers (Google scholar h-index= 39, Citations: 10,584).
She’s married, with 2 children
 
Google scholar
https://scholar.google.it/citations?user=LjmxrbEAAAAJ&hl=en
PubMed
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=bonaldi+t+&sort=date
 

Sertifika, Kurs ve Eğitimler:
Mesleki Eğitim, Publons Academy Peer Reviewer, Publons Academy, 2020
 
Araştırma Alanları:
Tıp,  Çocuk Ruh Sağlığı ve Hastalıkları, Nöroloji, Tıbbi Genetik, Kadın Hastalıkları ve Doğum
 
Akademik Unvanlar / Görevler: 
Prof.Dr., Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Moleküler Tıp Anabilim Dalı (Disiplinlerarası),2019 -Devam Ediyor
Prof.Dr., Demiroğlu Bilim Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü,2018 -2019
Doç.Dr., İstanbul Bilim Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü,2015 -2017

Akademik İdari Deneyim
Enstitü Yönetim Kurulu Üyesi, Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü,2022 –Devam Ediyor
Enstitü Müdür Yardımcısı, Dokuz Eylül Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü,2022 -DevamEdiyor Etik Kurul Üyesi, Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü,2021 -DevamEdiyor Merkez Müdürü, Dokuz Eylül Üniversitesi,Tıp Fakültesi,Dahili Tıp Bilimleri Bölümü,2021 -DevamEdiyor Merkez Laboratuvar Başkan Yardımcısı, Dokuz Eylül Üniversitesi,Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü, 2020 – Devam Ediyor
Anabilim Dalı Akademik Kurul Üyesi, Dokuz Eylül Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri Bölümü,2019 -Devam Ediyor
İstanbul Bilim Üniversitesi, 2015 -2019
İstanbul Bilim Üniversitesi,2015 -2017

I am a Professor of Medical Genetics and clinical geneticist with specific interest in neurodevelopmental disorders. I have extensive experience in next-generation and high-throughput molecular genetics, with special focus on the use of homozygosity mapping, linkage analysis and whole-exome sequencing in recessive forms of structural and functional abnormalities of the brain. I have successfully detected rare and somatic genetic variant identification in diverse range of diseases using high-throughput and next-generation genomics approaches at Yale. In the last ten years, I have published papers in Cell, Science, Nature, Nature Genetics and Neuron including one of the first successful applications of exome sequencing in the identification of genetic basis of recessive forms of structural and functional abnormalities of the brain. 

I have served as a member of editorial boards, a reviewer in top-tier journals and conferences, and was invited to serve as a program committee member for international workshops and conferences as well. I established Medical Genetics Department and giving lectures to under and post graduate students, assisting in seminar groups or laboratories, and grading. Teaching activities are drawn from a diverse menu of lecture, laboratory, and seminar courses given at the undergraduate, graduate, and medical school level.
 

Dr. Miral Dizdaroglu 1967 yılında Ankara Üniversitesi Fen Fakültesi Kimya Bölümünden mezun oldu. Doktora eğitimini 1968-1971 yılları arasında Almanya’nın Karlsruhe Üniversitesi’nde Fizikokimya alanında yaptı. 1971-1978 arasında Mülheim a.d. Ruhr’daki Max-Planck- Enstitüsünde çalıştı. 1978 yılında ABD Ulusal Bilimler Akademisi tarafından verilen bir bursu kazandı ve Boston Natick Araştırma Merkezinde 2 yıl süreyle görev aldı. Daha sonra Maryland Üniversitesi Kimya Bölümü’nde profesör olarak 1986 yılına kadar çalıştı. 1986 yılından itibaren ABD Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsünde (NIST) çalışmaya başladı. NIST’de “DNA Hasarı ve Onarımı” alanında dünya çapında tanınmış bir araştırma laboratuvarı kurdu. Yaptığı çalışmalarla birçok bilimsel ödüle layık görüldü: 1989, ABD Kimya Derneği “Hillebrand” Ödülü; 1993, ABD Hükümeti “Gümüş Madalya” Ödülü; 1993, 2001, Türk-Amerikan Dernekleri Asamblesi “Yılın Türk-Amerikalısı” ve “Bilimde Üstün Başarı” Ödülleri; 2000, Polonya Nicolaus Copernicus Üniversitesi “Onursal Doktora” Unvanı; 2005, ABD Hükümeti “Altın Madalya” Ödülü; 2006, NIST tarafindan “NIST Fellow” Unvanı verilmesi; 2009, Dokuz Eylül Üniversitesi “Onursal Doktora” Unvanı; 2010, NIST “Samuel Wesley Stratton” Ödülü. Dr. Dizdaroğlu NIST bünyesinde görevli çalışan yaklaşık 1500 bilim insanı içerisinde “NIST Fellow” statüsünde olan 40 bilim insanından biridir. Web of Science’a göre Dr. Dizdaroğlu’nun h-endeksi 78,  atıf sayısı 22879; Google Scholar’a göre h-endeksi 92,  atıf sayısı 33283; makale sayısı: 265; editörlüğünü  yaptığı kitap sayısı 2’dir.

Daniel Geiszler is a Marie Curie TÜBITAK COFUND Postdoctoral Fellow in the lab of Prof. Nurhan Özlü at Koç University. He completed his doctorate in the lab of Prof. Alexey Nesvizhskii at the University of Michigan where he developed computational tools for the identification and characterization of post-translational modifications in mass spectrometry-based proteomics. His work is implemented in the computational proteomics platform FragPipe, which he helps maintain and contributes to. He continues to develop computational proteomics methods and applies them in biological and chemoproteomic contexts.
Daniel Geiszler is a Marie Curie TÜBITAK COFUND Postdoctoral Fellow in the lab of Prof. Nurhan Özlü at Koç University. He completed his doctorate in the lab of Prof. Alexey Nesvizhskii at the University of Michigan where he developed computational tools for the identification and characterization of post-translational modifications in mass spectrometry-based proteomics. His work is implemented in the computational proteomics platform FragPipe, which he helps maintain and contributes to. He continues to develop computational proteomics methods and applies them in biological and chemoproteomic contexts.
 

AKADEMİK ve MESLEKİ DENEYİM

Görev Dönemi	Unvan	Üniversite	Bölüm
Nisan 2019-	Doktora Sonrası Araştırmacı	ABD Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü (NIST)	Biyomoleküler Ölçüm
Temmuz 2018 - Ocak 2019	Dr. Öğretim Görevlisi (Yarı Zamanlı)	İzmir Ekonomi Üniversitesi	Genetik ve Biyomühendislik
2010 - 2016	Araştırma Görevlisi	Dokuz Eylül Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü	Biyokimya Anabilim Dalı
2006 - 2009	Araştırma Görevlisi	İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü	Moleküler Biyoloji ve Genetik Anabilim Dalı

 
YURTDIŞI DENEYİMİ
Nisan 2019 - 
Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü Biyomoleküler Ölçüm Bölümü, Washington DC, ABD
Bu Dönemde Gerçekleştirilen Çalışmalar:

• DNA onarım proteinlerinin (Poli (ADP-riboz) polimeraz I, apürinik/apirimidinik endonükleaz I, DNA polimeraz II ve DNA glikozilazlar) dokuda ve kanser hücrelerinde LC-MS/MS ile analizleri
• DNA onarım protein inhibitörlerinin anti-kanser ilaçlar olarak kullanımı

Eylül-Kasım 2013
Ulusal Standartlar ve Teknoloji Enstitüsü Biyomoleküler Ölçüm Bölümü, Washington DC, ABD (EMBO Short-Term Fellowship)
Bu Dönemde Gerçekleştirilen Çalışmalar:

• Hasarlı DNA bazlarının GC-MS/MS ve hasarlı DNA nükleozidlerinin LC-MS/MS ile ölçümleri

UZMANLIK ALANLARI

• Oksidatif DNA Hasarı, DNA Onarım Mekanizmaları ve Kanser ile ilişkisi, Lipid Peroksidasyonu, Diyabet ve Diğer Metabolik Hastalıklar, Hücre Ölümü, Tek Nükleotid Polimorfizmleri, D vitamini
• Sıvı Kromatografi-Tandem Kütle Spektrometresi, Gaz Kromatografi-Tandem Kütle Spektrometresi, Akım Sitometrisi, Western-Blot ve Elektroforez Teknikleri, Hücre Kültürü Çalışmaları, Biyokimyasal analizler

Doç. Gizem ÇALIBAŞI KOÇAL, Ege Üniversitesi Biyokimya mezunudur. Ardından Dokuz Eylül Üniversitesi'nde Temel Onkoloji ve İstanbul Medipol Üniversitesi'nde Biyokimya alanında doktora derecelerini aldı. 2013-2015 yılları arasında Amerika Birleşik Devletleri’nde Harvard Üniversitesi ve Stanford Üniveristesi’nde kanser metastazı ile ilgili mikroakışkan teknolojiler alanında doktora öncesi araştırma görevlisi olarak çalıştı. Massachusetts Institute of Technology'deki Koch Kanser Enstitüsü'nde diyetten etkilenen bağırsak homeostazı ve tümörijenez alanında doktora sonrası araştırmacı olarak bulundu. Araştırma ilgisi, kolorektal kanserin metastatik süreçlerinin tümör mikroçevresi ve kanser metabolizması açısından incelenmesine ve farmakogenetik uygulamalarına odaklanmıştır. Başarıları, Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK), Türkiye Kanser Araştırma ve Kontrol Derneği, Avrupa Kanser Enstitüleri Örgütü (OECI), Avrupa Klinik Kimya ve Laboratuvar Tıbbı Federasyonu (EFLM) tarafından çeşitli ödüller ve onurlarla ödüllendirilmiştir. Kendisinin 35’den fazla yayını olmakla birlikte çok sayıda konferanslara katkısı vardır. Ayrıca Artificial Intelligence in Cancer, Journal of Clinical and Basic Health Sciences, ve Journal of Biology dergilerinin editör kurullarında görev yapmakta birlikte prestijli dergiler için düzenli olarak hakemlik yapmaktadır. Çalıbaşı-Koçal araştırma grubunun temel amacı, kanser yönetimini daha iyi anlamak için laboratuvardan hasta yatağına (bench-to-bedside) yaklaşımı ile kliniklere aktarılacak bilginin üretilmesidir.
 

Prof. Michael L. Nielsen is a professor at the Proteomics Section at the Novo Nordisk Center for Protein Research (since 2014), where he is heading a research group focusing on Proteomics Technology Development & Application. Dr. Nielsen obtained his PhD in ion-physics in 2007, and he did postdoctoral work at the Max-Planck Institute for Biochemistry in Munich (2007-2009), before joining the Novo Nordisk Center for Protein Research as an associate professor (2009-2014).
 
Research statement
An emerging concept of modern biology relates to the systematic understanding of cellular networks co-regulated via post-translational modifications (PTMs). However, despite the cellular ‘modificome’ being highly complex only a small subset of the estimated 200 possible types of PTMs are currently amenable for analysis on a system-wide scale. The research focus of the Nielsen group is on developing novel proteomics methods and technologies for studying obscure PTMs on a systems-level approach, with the aim of elucidating the biological roles these emerging PTMs play in human cells, while uncovering the functional impact they exert in cellular phenotypes and diseases. Key achievement in this field is the development of MS-based strategies enabling systems-wide analysis of endogenous protein modifications, including SUMOylation, Arginine methylation, and ADP-ribosylation.
 

Dr. Nurhan Özlü lisans eğitimini 2001 yılında Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde tamamlamıştır. 2005 yılında da Almanya’nın Dresden kentinde bulunan Max Planck Hücre Biyolojisi ve Genetiği Enstitüsünde doktora eğitimini bitirmiş, sonrasında Harvard Üniversitesi Tıp Fakültesi, Sistem Biyolojisi Bölümü ve Çocuk Hastanesi BostonProteomik Laboratuvarı’nda Doktora Sonrası Araştırmacı olarak çalışmıştır. Dr. Ozlu araştırmalarında, kanser tedavisinde kütle spektrometresi tabanlı proteomik ve anti-mitotik ilaçlar kullanarak hücre bölünmesinin düzenlenmesine odaklanmaktadır.

Doç. Dr. Güneş Özhan, lisans derecesini 2003 yılında Orta Doğu Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik bölümünden, doktora derecesini ise 2009 yılında artropodlarda embriyonik gelişimin moleküler evrimi konulu tez çalışmasıyla Almanya Tübingen'de Max Planck Gelişim Biyolojisi Enstitüsü'nden almıştır. Dresden Teknoloji Üniversitesi Biyoteknoloji Merkezi'nde, zebrabalığı modelini kullanarak gelişim biyolojisi ve hücre sinyal iletimi üzerine doktora sonrası çalışmalar gerçekleştirdi. Ardından 2014 yılında İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi'ne katılan Dr. Özhan, burada bağımsız araştırma laboratuvarını ve zebrabalığı birimini kurdu. Türkiye’ye döndükten sonra, TÜBİTAK Yurda Dönüş Bursu, EMBO Yerleşim Desteği, L'Oréal Ulusal Genç Bilim Kadınlarına Destek Bursu, Bilim Akademisi BAGEP ödülü, Türkiye Bilimler Akademisi GEBİP ödülü, ODTÜ Prof. Dr. Mustafa N. Parlar Vakfı Araştırma Teşvik Ödülü ve Birleşmiş Milletler IOM Aegean Start-Ups Teknoloji Tabanlı Girişimcilik Programı Ödülü’ne layık görüldü. Başlıca araştırma alanları arasında Wnt sinyal iletiminin düzenleyici mekanizmaları, doku rejenerasyonunun biyolojisi ve nörodejeneratif hastalıklar ve kanser mekanizmalarını anlamak için zebra balığı modelleri yer almaktadır. Dr. Özhan, halen Dokuz Eylül Üniversitesi'nde öğretim üyesi ve İzmir Biyotıp ve Genom Merkezi'nde baş araştırmacı olarak görev yapmaktadır.